快速开始

这份指南帮助你在几分钟内完成安装、配置和第一次 SOP 解析。

安装 CLI

如果你只是使用命令行工具，直接全局安装：

npm install -g autobiology-cli
autob --help
autob update --check

如果你在本仓库源码中开发：

npm install
npm run build
npm link

源码调试时也可以使用：

npx tsx src/cli.ts --help

以后需要升级已安装的 CLI 时，运行 autob update。自动更新检查会缓存 24 小时；在 CI 或离线环境中可以设置 AUTOB_DISABLE_UPDATE_CHECK=1 跳过自动检查。

初始化配置

运行配置向导：

autob init

向导会写入 ~/.autob/config.json，并询问 LLM provider、API key、模型、超时时间和是否进行连通性检查。

没有配置 LLM 时，流水线仍然可以运行。AutoBiology 会使用确定性规则生成 R1-R10 需求，并记录一条 LLM fallback clarification。

运行第一条 SOP

autob run your-sop.txt -o out

输出目录会包含：

01-ops.json
02-nodes.json
03-hyperedges.json
04-requirements.json
05-coverage.json
06-clarifications.json
diagrams/
report.md
run-meta.json

建议先看 out/report.md，再打开 out/04-requirements.json 查看结构化需求，或打开 out/05-coverage.json 查看覆盖率矩阵。

内置知识库的作用

npm 包内包含 data/ 知识库，确定性流水线会直接使用它。它会归一化 PBS buffer、Falcon 管、生物安全柜、常见单位写法等 SOP 别名；补充动作默认工具、风险和输出状态；并根据领域动作模式生成缺失参数澄清。

这些能力不依赖 LLM。配置 LLM 后，LLM 只参与可选的候选需求推理。

如需确认 LLM 是否实际启用，先运行 autob config show，再在流水线运行后检查 out/run-meta.json 和 out/06-clarifications.json。详细说明见 LLM 与研究产物。

仓库参考产物

从 GitHub 仓库使用时，publication/ 提供论文方法说明、复现步骤、样例输出、Mermaid 图和 draw.io 兼容算法图。graphify-out/ 提供代码知识图谱和架构报告，便于审阅代码结构。

常用下一步

autob config show
autob update --check
autob run your-sop.txt -o out --interactive
autob review out/04-requirements.json -o out --interactive